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職能別組織とは、企業組織の基本の形態であり、職能別、機能別に分化した構造をもつ組織のことである。
総務・経理・人事・企画・研究開発・製造・物流・営業などの専門に分かれ、機能単位で専門性の向上を目指しているものが一般的である。こうした組織構造は、職能ごとの効率性を高め、専門的知識の蓄積を可能にすることができる。しかし、各部門によって専門性が高すぎるためにコンフリクトが発生しやすく、事業が大きくなったり、市場の多様性が大きい場合は、事業部別組織へと移行することが多い。